На первом этапе происходит заключение договоров между ОНМУ и абитуриентом.

Организация-партнер или отдельный абитуриент предоставляет в ОНМУ документы, необходимые для зачисления. Если абитуриент поступает на первый курс ОНМУ, то для него организуется вступительное тестирование (или собеседование), и в случае успешного прохождения он зачисляется в ОНМУ студентом на первый курс очной формы обучения с дистанционными технологиями. Если же абитуриент уже является студентом какого-либо вуза или имеет диплом о высшем образовании и поступает на программу дополнительного образования, то он зачисляется в ОНМУ слушателем.

По информации из документов поступающих от абитуриентов администратор электронного деканата создает базу данных, содержащую документы на каждого слушателя (учетная карточка, учебная карточка, сводки успеваемости по предметам), формирует группу, каждому слушателю и студенту присваивается идентификационный номер и пароль для доступа в электронную библиотеку курсов. По списку групп создается приказ о зачислении в ОНМУ. Организации-партнеру или отдельному слушателю высылаются: студенческие билеты (или удостоверения слушателя), конфиденциальная информация о личном идентификационном номере, имени и пароле в информационно-образовательной среде ДЗО, дополнительная информация о ДЗО в ОНМУ.

Второй этап по времени совпадает с семестром и повторяется в зависимости от количества семестров в программе обучения. Перед началом каждого семестра производится:

• регистрация слушателей на данный семестр: получения сведений об оплате студентами или слушателями обучения в семестре и соответствующие корректировки в электронном деканате;
• рассылка студентам и слушателям комплектов учебно-методических материалов по предметам этого семестра.

Администрирование обучения в семестре заключается в следующем:

• внесение информации о выполнении учебного плана каждым студентом (или слушателем) в сводки успеваемости базы данных "Электронный деканат";
• координация работы преподавателей;
• своевременное информирование всех пользователей ДЗО (студентов, кураторов, преподавателей);
• составление документов, необходимых для сопровождения обучения (приказы, ведомости, сводки успеваемости и т. п.).

По результатам каждого семестра вносятся соответствующие изменения в базу данных и производится регистрация на следующий семестр.

На третьем этапе, если студент или слушатель закончил обучение:

• учебный план программы обучения выполнен полностью и успешно пройдена итоговая аттестация - выдается диплом о высшем образовании (или диплом о профессиональной переподготовке);
• получены положительные результаты по отдельным курсам - выдается сертификат ОНМУ (академическая справка).

Если студент или слушатель намерен продолжать обучение, заключается соглашение о размере оплаты обучения в следующем семестре (соглашение заключается между организацией-партнером или ОНМУ с одной стороны и студентом или слушателем - с другой). Если студент или слушатель не выполнил учебную программу какого-либо предмета предыдущего семестра, то в одном из последующих семестров он должен еще раз пройти обучение по этому курсу. Таким образом, возникает необходимость формирования индивидуальной программы обучения для отдельного студента или слушателя.